После объявления войны Германии 13 октября 1943 г. итальянское правительство юга страны заключило военный союз со странами антигитлеровской коалиции, однако союз этот был не полный. Так же как и Aeronautica Reppublicana, Aeronautica Co-Belligerante испытывали серьезную нехватку самолетов, запасных частей, подготовленного летного состава, топлива и даже помещений для размещения личного состава.
Из всех подразделений Regia Aeronautica, базировавшихся на момент заключения перемирия в Ценртальной Италии, лишь 8 Gruppo смогла перелететь на юг страны в демилитаризованную зону, как это было предусмотрено соглашением маршала Бадоглио с союзниками. Первоначально группу перевели в Тунис, но в конце осени 1943 г. она вернулась в Италию. Группой командовал maggiore Марио Басич, а на вооружении находились устаревшие С.200.
Ряд частей, к примеру 4, 5, 51 Stormo, на момент подписания соглашения базировались в демилитаризованной зоне. Эти соединения оставались в Калабрии и на Сардинии до конца августа. Многие летчики самостоятельно перелетали со всей Италии на южные аэродромы, не желая продолжать войну на стороне Германии.
С учетом нехватки ресурсов, отсутствия авиационной промышленности (главные предприятия итальянского авиапрома находились в северных районах страны) было принято решение сформировать компактные, но эффективные ВВС. Даже такую скромную цель оказалось сложно достигнуть — все пригодные к использованию аэродромы и инфраструктуру моментально приспосабливали под свои нужды союзники. Так завод Альфа Ромео в Помиглиано д’Арко стал обслуживать британский автотранспорт.
Командование Aeronautica Co-Belligerante быстро рассталось с идеями пополнения численного состава за счет постройки новых самолетов. Более реальным оказалось заняться восстановлением поврежденных и брошенных машин из состава Regia Aeronautica. Усилия имели определенный успех. Путем замены двигателей Даймлер-Бенц DB-601 на DB-605 удалось конвертировать в С.205 некоторое количество истребителей С.202.
Когда резервы «каннибализации» разбитых самолетов оказались исчерпанными, союзники сжалились и предоставили Aeronautica Co-Belligerante истребители Белл Р-39 «Аэрокобра» и Супермарин «Спитфайр» Mk V, а также средние бомбардировщики Мартин «Балтимор». Помощь союзников позволила итальянцам сформировать шесть gruppi. Только осмотрев новую технику итальянцы смогли понять какая пропасть разделяла их собственную авиационную промышленность с авиационной промышленностью США или Великобритании.
Союзники не допускали подразделения Aeronautica Co-Belligerante к боевым действиям над Италией. Большинство итальянских аэродромов занимала англо-американская авиация. Собственные же ВВС Италии «выжимались» в южные районы. Небольшие группы самолетов Aeronautica Co-Belligerante базировались на Сардинии.
Самолеты Aeronautica Co-Belligerante действовали также с аэродромов, расположенных в освобожденных районах Балкан. Более 500 вылетов на снабжение югославских партизан совершили ВВС Италии в 1943-44 г.г. Raggruppamento Caccia, которой командовал tenente colonnelo Фанали обеспечивала сопровождение транспортных самолетов и наносила удары по наземным целям, действую на пределе дальности полета своих истребителей. Действуя с плохо подготовленных и оснащенных аэродромов (все лучшее — союзникам), Aeronautica Co-Belligerante постепенно теряла боеспособность. В подразделениях появилось много дезертиров. В конце-концов подавляющая часть соединений Aeronautica Co-Belligerante зимой 1944-45 г.г. была расформирована. В то же время, небольшие хорошо подготовленные подразделения сумели дотянуть до Дня Победы. Именно эти части заложили основу ВВС современной Италии.