Как и вся Италия, ВВС разделились на две враждующих друг с другом части. Однако, части эти походили друг на друга как две капли воды. Фактически, самолеты отличались лишь опознавательными знаками — старая кокарда дофашистского периода на самолетах «южан» и флаг Италии — на самолетах фашиствующих «северян».
И те, и другие ВВС имели общую историю, общих героев, к примеру в обоих «осколках» Regia Aeronautica имелись подразделения, названные в честь итальянского аса времен первой мировой войны Франческо Баракка! От Regia Aeronautica и «северяне», и «южане» унаследовали отвратительное материально-техническое обеспечение.
На момент заключения перемирия остатки Regia Aeronautica базировались в центральных и северных районах Италии. Такое географическое распределение авиационных подразделение привело к тому, что большинство самолетов захватили недавние союзники Италии — немцы. Нехватка самолетов на юге привела к тому, что большее количество подразделений пришлось просто расформировать.
На севере Sttosegretario all’Avizione tenente colonello Эрнесто Блотто и командующий 2-м воздушным флотом люфтваффе генерал-фельдаршалом Вольфрамом фон Рихтгофеном было достигнуто соглашение о формировании ядра новых ВВС. Новые ВВС получили наименование Aeronautica Reppublicana, в июне 1944 г. к наименованию добавилось слово «Nazionale».
Среди многих проблем Aeronautica Reppublicana, возможно, главным стало их подчиненное по отношению к люфтваффе положение. Немцы полностью распределяли все ресурсы. К примеру Aeronautica Reppublicana было отказано в выделении более 1000 самолетов, необходимых для создания действительно независимых ВВС. Вместо них немцы вернули итальянцам в конце 1943 г. некоторое количество истребителей C.205V, которые имелись на вооружении JG-77. Эти самолеты поступили на вооружение I Gruppo Caccia, боевой дебют которой состоялся над Турином 3 января 1944 г.
Летчики I Gruppo Caccia выполняли задачи объектовой ПВО. В апреле 1944 г. на основе второго истребительного подразделения Squadriglia Complementare «Montefusco» (эскадрилья имела на вооружении самолеты G.55) была сформирована II Gruppo Caccia. После выхода из строя большинства самолетов итальянской постройки в середине 1944 г. обе группы начали перевооружение на истребители Bf.l09G, снятых с вооружения JG-53 и JG-77. Весной 1944 г. I Gruppo Caccia перевели из Камплформидо в Реджио-Эмилию, а в конце июня — в Виченцу; II Gruppo Caccia сначала перебросили из Милана в Болонью, затем — в Авиано, где летный состав осваивал мессершмитты. Потом, уже на Bf. 109G, II группа перебазировалась в Виллафранко.
Помимо потерь, сопровождавших боевые вылеты, на боевом духе летчиков Aeronautica Reppublicana отрицательно сказывалось откровенное нежелание немцев передавать своим союзникам столь необходимые самолеты. Наоборот, высшее командование люфтваффе попробовало ввести в ВВС Итальянской фашисткой республики свою систему воинских званий. Тем не менее, попытка сформировать независимые ВВС, Legione Aerea Italiana, была предпринята в конце августа 1944 г. Успеха она не имела.
После того как Италию покинули истребительные группы люфтваффе, которые потребовались для усиления обороны Третьего Рейха от налетов тяжелых бомбардировщиков, истребители II Gruppo Caccia в одиночку дрались в небе Италии вплоть до ноября 1944 г. В декабре 1944 г. личный состав I Gruppo Caccia прибыли в Германию для переучивания на Bf. 109G. Группа вернулась в Италию незадолго до окончания войны. Пилоты группы не сумели сбить самолетов противника, зато личный состав понес ощутимые потери в людях и технике.
2 апреля 1945 г. стал самым черным днем в короткой истории группы. 24 истребителя Bf. 109G взлетели с аэродромов Авиано и Озоппо. Над Чеди истребители перехватили большую группу бомбардировщиков В-25 под эскортом «Тандерболтов» 375-го истребительной эскадрильи ВВС США. В воздушном бою итальянцы понесли катастрофическое поражение, потеряв не менее 14 мессершмиттов, шесть летчиков погибло.
Последний боевой вылет летчики фашистской республики выполнили 19 апреля 1945 г. В нем приняли участие обе Gruppi. Летчики I Gruppo заявили об одном сбитом «Либерейторе». Перед всеми 26 истребителями II Gruppo стояла задача перехватить крупную группу «Митчеллов». Итальянцы прорвали завесу «Мустангов» только, чтобы получить порцию свинца — пять самолетов макаронники потеряли от огня воздушных стрелков средних бомбардировщиков.
В самом конце войны командир I Gruppo maggiore Андриано Висконти согласился на почетную капитуляцию с местными партизанами. Через несколько часов майора и его адъютанта sottotenente Стефани повесили на дверях казармы в Милане.
